日本専門医機構は「基本領域」として19の領域を認定しています。
内科、小児科、皮膚科、精神科、外科、整形外科、産婦人科、眼科、耳鼻咽喉科、泌尿器科、脳神経外科、放射線科、麻酔科、病理、臨床検査、救急科、形成外科、リハビリテーション科、総合診療
日本専門医機構は「サブスペシャリティ領域」として2022年4月1日時点で24の領域を認定しています。
「サブスペシャリティ領域」は「連動研修を行い得る領域」、「連動研修を行わない領域」、「少なくとも1つのサブスペシャルティ領域を修得した後に研修を行い得る領域（補完研修方式）」があります。
「連動研修を行い得る領域（連動研修方式または通常研修方式）」では基本領域の研修と並行してサブスペシャルティ領域の研修を行うことができます。
「連動研修を行わない領域（通常研修方式）」では基本領域の研修修了後にサブスペシャルティ領域の研修を行います。
「少なくとも1つのサブスペシャルティ領域を修得した後に研修を行い得る領域（補完研修方式）」では 少なくとも1つのサブスペシャルティ領域を修得した後に研修を行います。
連動研修を行い得る領域（連動研修方式または通常研修方式）としては
消化器内科、循環器内科、呼吸器内科、血液、内分泌代謝・糖尿病内科、脳神経内科、腎臓、膠原病・リウマチ内科、消化器外科、呼吸器外科、心臓血管外科、小児外科、乳腺外科、放射線診断、放射線治療
があります。
連動研修を行わない領域（通常研修方式）としては
アレルギー、感染症、老年科、腫瘍内科、内分泌外科
があります。
「少なくとも1つのサブスペシャルティ領域を修得した後に研修を行い得る領域（補完研修方式）」としては
肝臓内科、消化器内視鏡、内分泌代謝内科、糖尿病内科
があります。
専攻医の立場で考えた場合には基本領域の研修と並行してサブスペシャルティ領域の研修を行うことができる「連動研修を行い得る領域（連動研修方式または通常研修方式）」の方が専門医取得までの期間が短くて済むというメリットがあります。
「連動研修を行わない領域（通常研修方式）」、「少なくとも1つのサブスペシャルティ領域を修得した後に研修を行い得る領域（補完研修方式）」は専門医取得までの期間が長くなってしまうことになります。そのようなこともあり、「連動研修を行わない領域（通常研修方式）」、「少なくとも1つのサブスペシャルティ領域を修得した後に研修を行い得る領域（補完研修方式）」の見直しも進んでいるようです。
「内分泌代謝内科」については日本内分泌学会は専門医資格としては「内分泌代謝・糖尿病内科」のみとすることに決定し、「内分泌代謝内科」の専門医制度は設計しないこととしたようです。
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